FASTA

ラボでの出来事。

VeerleがボスにFASTA解析を頼まれたらしい。でも、ボスは思考の真っ最中。いろんなアイデアが頭の中を駆け巡っていたようで、一言、「Veerle, can you check FASTA? Please check FASTA, protein, um, sequence, umm, FASTA, Ah, FASTA!」って頼んだらしい。

FASTAを連発されてもVeerleには何のことやらピンと来ず、「FASTA? What?」

暫し同じやり取りが続いて、突然、「I'll ask to Katsura, OK」と言ったらしい。で、頼まれたので解析をしました。
単にボスは、あるペプチドのアミノ酸配列が他のペプチドの配列と相同性があるか知りたかったのでした。

なぜ、私がボスの意図が組み取れたかって？
前日まで同じやり取りをしていたためです（笑）。

ヌクレオチドやアミノ酸の配列をデータベースから取り寄せる時の一種のフォーマットのこともFASTA形式って言うし、FASTAという配列ホモロジー検索サイトもあります。だから「FASTA」って連呼されてもVeerleが戸惑ったのも無理もないです。

ホモロジー検索なら、BLASTNもしくはBLASTPも早くて便利。でも、今日はちょっと死んでいた。たぶん、新種のワームウィルスのせいでトラフィックが混んでいるためかなぁ....