2004/10/15

Realtime PCR

がラボに導入されました。ということで、いくつかの遺伝子発現を定量的に見れるように、プライマーとプローブのデザインをせねばならなくなったのですが、これが大変。

たしかにPrimer3とかOlygoAnalyzerなどネット上のデザインツールは便利なのですが、機械的にピックアップさせると、「そんなんでうまくいくのかな?」と思うような配列になったりします。たしかに、GC含量は綺麗に50%付近、Tmも設定通り60℃前後になってくれるのですが....

と言うわけで、やっぱり人間の目が一番?(一番確実か一番不確実か)

NCBIから配列を取ってきて、タンパク質コーディング配列からプライマーとプローブを決めます。私の場合はOlygoAnalyzerを使ってTmを算出させ、ヘアピン、ダイマーも調べます。あとはBLASTNに入れて配列を確認して決定。と書くと簡単そうなのですが、1つの遺伝子に対して半日ぐらい掛かってしまいます。

あ〜、目を瞑ってもATGCの羅列が....

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