Realtime PCR

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がラボに導入されました。ということで、いくつかの遺伝子発現を定量的に見れるように、プライマーとプローブのデザインをせねばならなくなったのですが、これが大変。

たしかにPrimer3とかOlygoAnalyzerなどネット上のデザインツールは便利なのですが、機械的にピックアップさせると、「そんなんでうまくいくのかな？」と思うような配列になったりします。たしかに、GC含量は綺麗に50%付近、Tmも設定通り60℃前後になってくれるのですが....

と言うわけで、やっぱり人間の目が一番？（一番確実か一番不確実か）

NCBIから配列を取ってきて、タンパク質コーディング配列からプライマーとプローブを決めます。私の場合はOlygoAnalyzerを使ってTmを算出させ、ヘアピン、ダイマーも調べます。あとはBLASTNに入れて配列を確認して決定。と書くと簡単そうなのですが、1つの遺伝子に対して半日ぐらい掛かってしまいます。

あ〜、目を瞑ってもATGCの羅列が....

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ウェーバーキャブセッティング　暫定版

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かなり悩んだキャブセッティング、暫定版と呼べるようなのが固まってきました。各ジェットの受け持ちセオリーを無視したようなものですが.... 以下、メインジェット：MJ、アイドルジェット：IJ、エアジェット：AJ、アイドルアジャストスクリュー：IS、ポンプジェット：PJ エマルジョンチューブはF11、アウターベンチュリは30に固定 初期セット Tメカニックによるセッティング（ファンネル仕様、少し薄めのセット） 　MJ:115, AJ:190, IJ:50F9, PJ:40, IS:1.5-1.8開け インダクションボックス導入によるリセッティング 　MJ:115, AJ:200, IJ:50F8, PJ:40, IS:2.5開け やっぱりインダクションボックスにより吸入量が制限され、初期セットでは濃過ぎ。少し薄くしてみたものの、アイドリング濃いめ、2000rpm付近で引っかかりがある感じ 濃くて引っかかるのなら取りあえずポンプジェットを絞ってみようと 　MJ:115, AJ:200, IJ:50F9, PJ:35, IS:2.0開け プラグの焼けは良いのですが、何だかイマイチ。 この辺りから迷宮入り。濃いのか薄いのか良く分からないのです。 良く言われるように、濃ければ排気音はこもった感じで、吹け上がりが鈍く、プラグがカーボンで黒く湿っている、薄ければ排気音は乾いた感じで、吹け上がりが軽いがパワーが無く、プラグは白く焼けている、のなら簡単なのですが... IJを45F8から55F11まで振っていろいろ試したのですが、どれもイマイチ。やっぱり全体的に濃いような気がしてMJも110まで薄くしたのですが、う〜ん。やっぱりIJを濃くすれば、アイドリングは辛くなるし。 750RSのCRSキャブレターの場合は、アイドリング〜2000rpmまでを出来る限り完璧に合わせることで、プラグがカブらず乗りやすいセッティングができたので、Weberも低回転域から合わせてみようと考え直しました。 対策済みDCOEの場合はISの開きは2〜3回転ぐらいらしい。こうなるIJを探って行くと、45F9が一番アイドリングが安定することが分かってきました。なのでIJは45F9に決めて、その他の不調を他の因子で詰めてみることにしました。つまり、45F9ではアクセル開け始めから薄くなるので、濃くするためにPJは40...
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